Wieś Mikuszowice, która swą nazwę wzięła od zasadźcy i pierwszego sołtysa Mikołusza, powstała ok. 1300 r. w ramach kolonizacji rzeki Białej po spustoszeniu tutejszych ziem przez Tatarów.
Pierwsza pisemna wzmianka pochodzi z aktu nadania przez księcia na Cieszynie Mieszka III mieszczanom bielskim lasu zwanego Ziegenwald (Kozi Las – obecnie Las Cygański na stokach Koziej Góry), położonego między Kamienicą i Mikuszowicami. W XIV w., kiedy Biała stanowiła granicę między Księstwem Cieszyńskim i Księstwem Oświęcimskim, Mikuszowice uległy podziałowi, który historycznie i geograficznie utrzymuje się po dziś dzień.
Po prawej stronie Białej rozciągają się Mikuszowice Krakowskie, po lewej – Mikuszowice Śląskie. W tym czasie istniał we wsi drewniany kościółek, który uległ zniszczeniu podczas wylewu Białej. Od 1457 r. Mikuszowice Krakowskie były wsią królewską i wchodziły w skład dóbr sąsiedniego państwa łodygowickiego.
Drugi kościół mikuszowicki, wzniesiony w 1455 r. z drewna sosnowego przez cieślę o nazwisku Mączka na zlecenie Maćka Konity (byłego rozbójnika, który na podstawie glejtu królewskiego zakupił sołectwo), był przez krótki czas ośrodkiem parafialnym, ale wkrótce stał się filią parafii w Łodygowicach. W XVI i XVII w. przez Mikuszowice, podobnie jak i przez sąsiednie wioski i miasta, przetoczyła się fala reformacji. W Mikuszowicach Śląskich panował luteranizm, zaś w Mikuszowicach Krakowskich – kalwinizm, który przez długi czas był głównym wyznaniem na terenie całego Księstwa Oświęcimskiego. (Według zachowanych dokumentów w 1630 r. na terenie Mikuszowic było zaledwie 25 katolików, w tym 13 młodocianych, zaś w sąsiednim Lipniku żył tylko jeden katolik – bakałarz uczący w miejscowej szkole).
W 1655 r. podczas sporu mieszczan bielskich i włodarzy Mikuszowic o Kozi Las, wojska austriackie zajęły Mikuszowice Śląskie aż po rzekę Białą, która od tego czasu stała się nową granicą państwa.
Rok później przez wsie Żywiecczyzny przetoczyła się nawałnica szwedzka. Mikuszowice zostały wtedy niemal doszczętnie spalone. Stary kościół, który ok. 1615 r. na skutek zabiegów kasztelana Piotra Warszyckiego powrócił do katolików, spłonął kilka lat później 7 kwietnia 1687 r. od uderzenia pioruna. Na jego miejscu w 1690 r. mistrz ciesielski Piotr Piotrowski wzniósł na zlecenie proboszcza łodygowickiego ks. Urbana Kupiszowskiego nową (trzecią z kolei) świątynię z drewna modrzewiowego, która w prawie niezmienionym kształcie przetrwała po dziś dzień. O mały włos w 1796 r. kościół św. Barbary przestałby istnieć, gdyż władze zaborcze wystawiły go na licytację, jako obiekt zbędny.
Dzięki ofiarności mieszkańców wsi, którzy wykupili na własność starą świątynię za 50 reńskich, sto lat później (w 1894 r.) dzięki zabiegom ówczesnego wójta Walentego Fijaka, utworzono przy nim nową samodzielną placówkę parafialną w Mikuszowicach Krakowskich na prawach ekspozytury. Stan taki utrzymywał się aż do 1965 r., kiedy to arcybiskup metropolita krakowski Karol Wojtyła dekretem z dnia 7 września tegoż roku erygował odrębną parafię mikuszowicką. Jej pierwszym proboszczem został mianowany ks. Antoni Kowalski.
W latach 1993-1994 przeprowadzono kompleksowe prace konserwatorskie i renowacyjne polichromii kościelnej.